تا 1439...

سید مصطفی خمینی فرزند حضرت امام (ره) دو فرزند داشت فرزند دختر،سیده مریم نام داشت که پزشک شد و چندی در امارات متحده عربی (دوبی) و اکنون در سوئیس زندگی می‌کند و فرزند پسر، سیدحسین خمینی است که طلبه و روحانی شد و در سال‌های اول انقلاب اسلامی وارد عرصه سیاست شد.

سید حسین خمینی هنگام انقلاب اسلامی درعنفوان جوانی قرار داشت و با سرنگونی رژیم مخلوع شاه از نجف به ایران بازگشت وی از همان ابتدا در طیف ابوالحسن بنی‌صدر و حامیان مجاهدین خلق قرار گرفت و حتی در مقابل چهره‌هایی نظیر علی‌اکبر هاشمی‌رفسنجانی، آیت الله صادق خلخالی و عبدالرحیم ربانی‌شیرازی موضع‌گیری نمود حمایت وی ازاین سازمان آنقدر شدت یافت که وی دراردیبهشت‌ماه 1360 و در کوران تیره شدن روابط بنی‌صدر و مجاهدین خلق با امام(ره) و به طبع آن عزل بنی‌‌صدر، سید حسین طی یک سخنرانی درمشهد از بنی‌صدر حمایت نموده و به انتقاد از دکتر بهشتی و علی اکبر هاشمی رفسنجانی و توهین به محمد جواد باهنر پرداخت.در سال 59 آقای سید حسین خمینی که نوه امام بود در زمانی که اختلافات بین بنی صدر و شهید رجایی تشدید شده بود آقای سید حسین خمینی می رود در مشهد به نفع بنی صدر سخنرانی می کند. مردم به او حمله می آورند و می خواستند سید حسین خمینی را بزنند و ایشان که مسلح بوده، سلاح کمری داشته، دست به سلاح کمری اش می برد، بچه های کمیته جلوی او را می گیرند می برندش در یک اتاق دیگر. از همانجا مسئولین کمیته تماس می گیرند با دفتر امام. پیغام به امام داده می شود که آقای سید حسین خمینی نوه شما در مشهد از بین صدر دفاع کرده مردم به او هجوم آوردند دست به اسلحه برده ما چه کار کنیم. امام به مرحوم آیت الله اشراقی می فرمایند که به مسئولین کمیته مشهد پیغام دهید که سید حسین خمینی تحت الحفظ به تهران اعزام شود و اگر دست به سلاحش برد او را با تیر بزنند. آقای اشراقی به دفتر می آید و از طریق آقای رحمانی که بعدها نماینده امام در نیروی انتظامی شدند، از طریق ایشان به بچه های کمیته پیغام می دهند. ولی بخش دوم پیام امام را آقای اشراقی نمی دهد و فقط می گوید امام گفته آقای سید حسین خمینی تحت الحفظ به تهران اعزام شود. وقتی ایشان پیش امام بر می گردد امام می پرسد شما دستور من را ابلاغ کردی. ایشان می گوید بله. امام گفت آقای اشراقی کامل ابلاغ کردی؟ آقای اشراقی که نمی توانسته دروغ بگوید می گوید نه من قسمت دومش را نگفتم. امام به آقای اشراقی می فرمایند بر می گردی مجدد تلفن می زنی و هر دو قسمت پیام من را می دهید. سید حسین خمینی تحت الحفظ به تهران اعزام شود و اگر دست به سلاحش زد با تیر او را بزنید.»

حضرت امام در نامه ای خطاب به سید حسین خمینی که متن آن درجلد14صحیفه نورآمده است با انتقاد شدید از وی، نوشته اند: «پسرم حسین خمینی! جوانی برای همه خطرهایی دارد که پس از گذشت آنها انسان متوجه می‌شود . من میل دارم کسانی که به من مربوط هستند در این کوران‌های سیاسی وارد نشوند؛ من امید دارم که شما با مجاهدت در تحصیل علوم اسلامی و با تعهد به اخلاق اسلامی و مهار کردن نفس اماره بالسوء، برای آتیه مورد استفاده واقع بشوی؛ من علاوه بر نصیحت پدری پیر، به شما امر شرعی می‌کنم که در این بازی‌های سیاسی وارد نشوی و واجب شرعی است که از این برخوردها احتراز کنی؛ من به شما امر می‌کنم به حوزه علمیه قم برگرد و با کوشش، به تحصیل علوم اسلامی و انسانی بپرداز.»

از نامه حضرت امام، سید حسین راهی قم شد زندگی سید حسین از آن پس در سکوت خبری گذشت که روایات متعددی از چگونگی زندگی او در سالهای انزوا شده است برخی براین باورند که این سالها حسین مشغول فراگیری علوم دینی بوده و اما برخی هم معتقدند که این انزوا او را به سوی اعتیاد به مواد مخدر و در نتیجه ناتوانی در کسب معارف سوق داد. نکته قابل ذکر دیگر اینکه پس از وفات مرحوم حاج احمد آقا، هدایت مؤسسه تنظیم و نشر آثار، حرم و بیت امام به سید حسن فرزند سید احمد و نوه کوچکترامام سپرده شد این در حالی بود که سید حسین از لحاظ سنی از سید حسن بزرگتر بود.

 تیر ماه84 مجله آمریکایی «ونیتی‌فر» از پیشنهاد سیدحسین خمینی به رضا پهلوی برای اتحاد در برابر جمهوری اسلامی خبر داده بود؛ گویا این پیشنهاد از سوی کریستوفر هیچنز خبرنگار این مجله - که به قم سفر کرده بودـ به رضا پهلوی داده شده بود.

سید حسین که هم اکنون با 51 سال سن همچنان در حبس خانگی در قم بسر می برد دست از اظهارات معاندانه خود با نظام مقدس جمهوری اسلامی بر نمی دارد و اخیرا وعده بیان ناگفته هایی را در مورد علت مرگ پدرش و اتفاقات اوایل انقلاب داده است.